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“법인 아닌 사단으로서의 실체를 갖춘 개신교 교회가 특정 교단 소속 지교회로 편입되어 교단의 헌법에 따라 의사결정기구를 구성하고 교단이 파송하는 목사를 지교회의 대표자로 받아들이는 경우 교단의 정체에 따라 차이는 존재하지만 원칙적으로 지교회는 소속 교단과 독립된 법인 아닌 사단이고 교단은 종교적 내부관계에 있어서 지교회의 상급단체에 지나지 않는다.다만, 지교회가 자체적으로 규약을 갖추지 아니한 경우나 규약을 갖춘 경우에도 교단이 정한 헌법을 교회 자신의 규약에 준하는 자치규범으로 받아들일 수 있지만, 지교회의 독립성이나 종교적 자유의 본질을 침해하지 않는 범위 내에서 교단 헌법에 구속된다.”(대법원 2006. 4. 20. 선고 2004다37775 전원합의체 판결).

지교회는 소속 교단과 독립된 법인 아닌 사단이다. 교단은 종교적 내부관계에 있어서 지교회의 상급단체에 지나지 않는다. 다만, 지교회가 교단이 정한 헌법을 교회 정관에 준하는 자치규범으로 받아들일 수 있다.

하지만 이 경우에도 교단헌법은 지교회의 독립성이나 종교적 지유의 본질을 침해하지 못한다. 교단 헌법은 지교회 독립성과 종교적 자유의 본질을 침해하지 않는 범위 내에서만 구속한다.

교회 정관은 지교회 독립성과 종교적 자유의 본질에 해당한다. 지교회 정관에 교단 헌법에 반한 내용을 규정할지라도 이는 지교회의 고유권한이다. 이 권한은 독립성과 종교적 자유의 본질에 근거하여 그 누구도 침해할 수 없는 배타적 고유 권한이다. 이런 의미에서 교회 정관과 교단헌법이 충돌할 때 정관이 우선한다는 법적 논리가 성립된다.

심지어 교단이 지교회의 정관을 교단헌법에 의해 개정하라는 강제적 개입은 지교회의 독립성과 종교적 자유의 본질을 침해하는 것으로 교단의 강제력은 무효사유가 된다. 이러한 법리에 근거한 법원의 판례가 이어지고 있다.